สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษายะลา เขต 1 จัดตั้งขึ้นเมื่อ วันที่ 7 กรกฎาคม 2546 ตามพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการ กระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2546 ซึ่งกำหนดให้มีการปรับโครงสร้าง การบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ โดยแบ่งการบริหารออกเป็น เขตพื้นที่การศึกษา แทนการกำหนดให้มีส่วนราชการในระดับภูมิภาค ทำให้หน่วยงานทางการศึกษาเดิม ของกระทรวงศึกษาธิการ ในระดับจังหวัด และอำเภอ ได้แก่ สำนักงานสามัญศึกษาจังหวัด สำนักงานศึกษาธิการ จังหวัด สำนักงานศึกษาธิการอำเภอ สำนักงานการประถมศึกษาจังหวัด สำนักงานการประถมศึกษาอำเภอ และเขตการศึกษา ต้องถูกยุบเลิก หลอมรวมกันเป็นสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา ในสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน และตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่องกำหนดเขตพื้นที่การศึกษา ได้กำหนดเขตพื้นที่การศึกษา เพื่อการบริหารและการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน จำนวน 175 เขต ซึ่งอยู่ภายใต้การดูแลของสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ มีหน้าที่ดูแลการศึกษาขั้นพื้นฐาน คือ โรงเรียนประถมศึกษาและโรงเรียนมัธยมศึกษา

ปัจจุบัน กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศกำหนดเขตพื้นที่การศึกษาตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง กำหนดเขตพื้นที่การศึกษา ลงวันที่ 7 กรกฎาคม พ.ศ. 2556 ประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง ปรับปรุงแก้ไขการกำหนดเขตพื้นที่การศึกษา และกำหนดเขตพื้นที่การศึกษาเพิ่มเติม พ.ศ. 2550 ลงวันที่ 9 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2550 และประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง ปรับปรุงแก้ไขการกำหนดเขตพื้นที่การศึกษา และกำหนดเขตพื้นที่การศึกษาเพิ่มเติม พ.ศ. 2551 ลงวันที่ 14 มกราคม พ.ศ. 2551 โดยอาศัยอำนาจตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ.2542 และพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2546 บัดนี้ได้มีการแก้ไขเพิ่มเติมพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2553 และพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2553 กำหนดให้มีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา และเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา ได้กำหนดและแก้ไขเปลี่ยนแปลงเขตพื้นที่การศึกษาและสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา เป็นเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา และสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษายะลา เขต 1 จึงเปลี่ยนชื่อเป็น สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษายะลา เขต 1 ดูแลรับผิดชอบการศึกษาระดับก่อนประถมศึกษา ประถมศึกษา และมัธยมศึกษาในโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา และได้มีการแบ่งส่วนราชการตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ลงวันที่ 13 กันยายน 2553 เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา พ.ศ. 2553 ข้อ 4 และราชกิจจานุเบกษาลงวันที่ 30 พฤศจิกายน 2553 ประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2553 ให้แบ่งส่วนราชการสำนักงานเขต ดังต่อไปนี้

1) กลุ่มอำนวยการ

2) กลุ่มนโยบายและแผน

3) กลุ่มส่งเสริมการศึกษาทางไกล เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร

4) กลุ่มบริหารงานการเงินและสินทรัพย์

5) กลุ่มบริหารงานบุคคล

6) กลุ่มพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษา

7) กลุ่มนิเทศ ติดตาม และประเมินผลการดำเนินงาน

8) กลุ่มส่งเสริมการจัดการศึกษา

9) หน่วยตรวจสอบภายใน

10) กลุ่มกฎหมายและคดี

ต่อมาในวันที่ 7 กันยายน 2561 ได้มีประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2561 ตั้งกลุ่มกฎหมายและคดี ในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาเพื่อสนองนโยบายของรัฐด้านการป้องกันและปราบปรามการทุจริต และประพฤติมิชอบในระบบราชการและสนับสนุนระบบงานกฎหมายและคดีของรัฐให้มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษายะลา เขต 1 ได้จัดรูปแบบการบริหารจัดการศึกษา โดยแบ่งโรงเรียนออกเป็นศูนย์เครือข่ายสถานศึกษา รวมทั้งสิ้น 13 ศูนย์เครือข่าย ดังนี้

1) ศูนย์เครือข่ายเรืองวิทย์

2) ศูนย์เครือข่ายคุรุมิตร

3) ศูนย์เครือข่ายร่มเกล้า

4) ศูนย์เครือข่ายมิตรภาพ

5) ศูนย์เครือข่ายสามพญา

6) ศูนย์เครือข่ายไตรสัมพันธ์

7) ศูนย์เครือข่ายรามัน

8) ศูนย์เครือข่ายดงตาล

9) ศูนย์เครือข่ายลุ่มน้ำสายบุดี

10) ศูนย์เครือข่ายโกตาบารู

11) ศูนย์เครือข่ายพญางาม

12) ศูนย์เครือข่ายสันกาลาคีรี

13) ศูนย์เครือข่ายกรงปินัง